상가 보증금 3억 원이면 부가세 간주임대료는 얼마, 건물주가 2기 확정신고 전에 계산해 보는 법

상가를 임대하면서 받아 둔 보증금 3억 원은 2026년 하반기(7월 1일~12월 31일, 184일) 동안 그대로 두었다면 부가세 과세표준에 약 469만 원이 잡히고, 여기에 10%를 곱한 약 46만 9천 원이 건물주가 내야 할 부가세입니다. 월세 한 푼 받지 않은 보증금에도 부가세가 붙는 것이 간주임대료입니다.

계산에 쓰는 이자율은 연 3.1%입니다. 이 수치는 2025년 3월 21일 시행된 개정으로 종전 연 3.5%에서 낮아졌고, 이 글을 쓰는 2026년 10월 27일 현재 같은 비율이 이어지고 있습니다. 확정신고는 2027년 1월 25일까지이므로, 지금은 보증금이 언제 얼마 바뀌었는지 정리해 계산을 미리 해 볼 수 있는 시기입니다.

아래에서는 계산식, 보증금이 중간에 바뀔 때 일수 나누는 법, 월세와 다른 점, 계약서에 적어 둘 문구를 차례로 풉니다.

보증금에도 부가세가 붙는 이유와 계산식

상가·사무실 같은 비주거용 건물의 임대는 부가세 과세 대상입니다. 월세에 부가세를 붙여 받는 것은 익숙해도, 보증금은 돌려줄 돈이라 매출이 아니라고 생각하기 쉽습니다. 그러나 법은 건물주가 보증금을 예금처럼 굴려 이자를 얻는 것으로 보고, 그 이자 상당액을 임대료로 간주해 과세표준에 넣게 합니다. 근거는 부가가치세법 제29조 과세표준 규정과 시행령 제65조의 계산식입니다.

계산 예시: 보증금 3억 원을 반기 내내 가진 경우

1. 보증금 3억 원 × 연 3.1% = 930만 원(1년치 이자 상당액)을 먼저 구합니다.
2. 930만 원 × 184일 ÷ 365일 = 약 4,688,219원이 2기 간주임대료(공급가액)입니다.
3. 부가세는 4,688,219원 × 10% = 약 468,821원입니다.

보증금 1억 원당으로 줄이면 외우기 쉽습니다. 1년을 통째로 가지면 공급가액 310만 원, 부가세 31만 원이고, 반기(184일)만 가지면 공급가액 약 156만 3천 원, 부가세 약 15만 6천 원입니다.

보증금이 중간에 바뀌면 기간을 쪼개서 계산합니다

시행령은 과세대상 기간의 일수를 곱하도록 하므로, 연말 잔액만 보고 계산하면 틀립니다. 임차인이 바뀌거나 증액·감액이 있었다면 바뀐 날을 기준으로 구간을 나눠 각각 계산한 뒤 더합니다.

위 그림의 2억 원 구간은 2억 원 × 3.1% = 620만 원에 92일 ÷ 365일을 곱해 약 156만 원, 3억 원 구간은 930만 원에 92일 ÷ 365일을 곱해 약 234만 원입니다. 연말 잔액 3억 원을 반기 전체에 적용하면 약 469만 원이 되어 약 78만 원이 과대하게 잡힙니다. 반대로 증액 시점을 놓쳐 2억 원으로만 계산하면 과소신고가 되므로, 임대차계약서와 보증금 입금일을 날짜까지 맞춰 두어야 합니다.

월세와 간주임대료는 이렇게 다릅니다

같은 임대료 수입인데 월세와 간주임대료는 처리가 갈립니다. 월세에는 부가세를 얹어 받고 세금계산서를 발급하지만, 간주임대료에는 임차인에게서 받는 돈이 없습니다. 그래서 실제로 받은 적 없는 부가세를 건물주가 자기 주머니에서 내는 구조가 됩니다.

간주임대료 때문에 건물주 손에 남는 돈이 줄어드는 정도는 보증금이 클수록 커집니다. 보증금 5억 원이면 1년 기준 공급가액 1,550만 원, 부가세 155만 원입니다. 월세를 낮추고 보증금을 높이는 방식으로 계약을 설계한다면, 월세 인하분과 늘어나는 간주임대료 부가세를 같이 놓고 비교해야 합니다.

보증금 대비 월세 설계를 비교할 때

예를 들어 보증금을 1억 원 올리고 월세를 월 30만 원 내리는 조건을 받았다고 하면, 월세 감소분은 연 360만 원이고 보증금 증가분이 만드는 공급가액은 연 310만 원입니다. 월세에 붙여 받던 부가세는 임차인에게서 받아 나라에 내는 돈이라 건물주 몫이 아니지만, 간주임대료 부가세 연 31만 원은 건물주가 자기 돈으로 냅니다. 그래서 이 조건의 실질 비용은 월세 감소분 360만 원에 간주임대료 부가세 31만 원을 더한 연 391만 원으로 봐야 정확합니다.

10월 말 예정고지와 1월 확정신고는 다른 계산입니다

개인 일반과세자는 2기 중간인 10월에 부가세 예정신고를 따로 하지 않고 세무서가 보내는 예정고지서를 받습니다. 직전 과세기간 납부세액의 절반을 먼저 내는 방식이며, 2026년 납부기한은 10월 31일이 토요일이라 11월 2일(월요일)입니다. 이때 내는 돈은 간주임대료를 새로 계산한 결과가 아니라 미리 내는 세금이고, 7~12월 실제 월세 매출과 간주임대료를 합산한 정산은 2027년 1월 25일 확정신고에서 일어납니다.

상가와 주택이 섞인 건물은 상가분만 따집니다

1층은 상가, 위층은 주택으로 쓰는 건물이면 주택 임대는 부가세 면세라서 상가 보증금만 간주임대료 대상입니다. 주택 임대의 보증금 3억 원·3주택 기준은 소득세에서 쓰는 별개의 기준이므로, 부가세 간주임대료에는 그대로 적용되지 않습니다. 보증금 전액이 대상이고 공제되는 최소 금액도 없습니다.

실무에서 흔히 놓치는 상황

월세 없이 보증금만 받는 임대, 임차인이 바뀌면서 보증금이 늘어난 달, 보증금 일부를 월세로 돌리면서 감액한 달이 가장 자주 빠지는 부분입니다. 월세 입금은 통장에 남아 눈에 띄지만 보증금은 입금일과 반환일이 따로 흩어져 있어 일수 계산에서 한두 달씩 어긋나기 쉽습니다. 임차인이 두세 곳 이상이면 상가별로 표를 따로 만드는 것이 안전합니다.

계약서에 어떻게 적어 두면 분쟁이 줄어드나

간주임대료는 세금계산서 대상이 아니라서, 임대인이 낼 세금이라는 점이 계약서에 분명하지 않으면 임차인과 다툴 여지가 생깁니다. "부가세 별도" 문구는 월세에 대한 것임을 구분해 쓰고, 보증금에서 생기는 간주임대료 부가세는 임대인이 부담한다고 적어 두는 편이 명확합니다. 이미 체결한 계약이라면 특약이 없는 한 임대인 부담이 원칙입니다. 임차인에게 이를 청구하는 방식으로 접근하면 분쟁으로 번질 수 있습니다.

자주 묻는 질문

Q. 상가 보증금 3억 원이면 2기 부가세 간주임대료는 얼마인가요?

7월 1일부터 12월 31일까지 184일 동안 보증금이 그대로였다면 3억 원 × 연 3.1% × 184일 ÷ 365일로 약 469만 원이 공급가액이고, 부가세는 약 46만 9천 원입니다. 중간에 보증금이 바뀌었다면 구간을 나눠 각각 계산합니다.

Q. 월세를 받지 않고 보증금만 받는 상가도 부가세를 내나요?

비주거용 건물의 임대라면 월세가 없어도 보증금에 대한 간주임대료를 과세표준에 넣어 신고해야 합니다. 부가세를 받을 월세가 없으므로 전액 건물주 부담입니다.

Q. 주택 임대에 적용하는 보증금 3억 원 기준을 상가에도 쓰나요?

아닙니다. 주택 임대는 부가세가 면세이고, 3억 원·3주택 기준은 소득세 쪽 기준입니다. 상가 간주임대료에는 공제되는 최소 보증금이 없어 보증금 전액이 계산 대상입니다.

Q. 10월 말에 낸 예정고지세액에는 간주임대료가 들어 있나요?

예정고지는 직전 과세기간 납부세액의 절반을 먼저 내는 제도라 2기 간주임대료를 새로 계산해 넣지 않습니다. 7~12월의 실제 매출과 간주임대료는 2027년 1월 25일 확정신고에서 합산해 정산하고, 예정고지로 낸 금액은 그때 기납부세액으로 빼 줍니다.